Khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT từ 01/7/2026 theo Thông tư 89/2026/TT-BTC như thế nào?

Trong quá trình thực hiện kê khai thuế, việc phát sinh sai sót là điều khó tránh khỏi đối với Kế toán dịch vụ nhận khách hàng doanh nghiệp. Nhằm chuẩn hóa quy trình xử lý và hướng dẫn rõ ràng cho từng trường hợp phát sinh, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC (có hiệu lực từ ngày 01/07/2026). Bài viết này sẽ hướng dẫn chi tiết cách bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT theo Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC.

1. Tổng quan Thông tư 89/2026/TT-BTC

Số ký hiệu	89/2026/TT-BTC
Ngày ban hành	30-06-2026
Ngày có hiệu lực	01-07-2026
Loại văn bản	Thông tư
Cơ quan ban hành	Bộ Tài chính
Trích yếu	Quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế.

 

1. Trường hợp chỉ làm tăng số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau

Trường hợp người nộp thuế (NNT) thực hiện bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT mà chỉ làm tăng số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót (trừ trường hợp phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót) thì thực hiện như sau:

• Hồ sơ: Lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót.

• Cách kê khai: Số tiền thuế GTGT được khấu trừ điều chỉnh tăng của kỳ tính thuế có sai, sót sẽ khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.

2. Trường hợp làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau

Khi NNT khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót, quy trình kê khai xử lý được phân định như sau:

2.1. Trường hợp chưa đề nghị hoàn thuế

(Trừ trường hợp NNT phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót)

• Lập hồ sơ khai bổ sung cho kỳ tính thuế có sai, sót.

• Số tiền thuế GTGT được khấu trừ điều chỉnh giảm khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.

2.2. Trường hợp đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được hoàn

Nếu thuộc trường hợp hủy hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Khoản 2 Điều 47 Thông tư 89/2026/TT-BTC:

1. Gửi văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế.

2. Kê khai giảm chỉ tiêu đề nghị hoàn trên hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót.

3. Số tiền thuế GTGT đã đề nghị hoàn điều chỉnh giảm nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ thì khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.

💡 Lưu ý quan trọng khi đã được giải quyết hoàn thuế:

Trường hợp NNT đã được cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn trước:

• Khai bổ sung giảm số tiền thuế đề nghị hoàn tại chỉ tiêu đề nghị hoàn.

• Tăng số tiền thuế thu hồi hoàn tại tờ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót.

• Nộp ngay số tiền thuế thu hồi hoàn và tiền chậm nộp vào Ngân sách nhà nước (NSNN).

• Số tiền thuế GTGT đã đề nghị hoàn điều chỉnh giảm (nếu đủ điều kiện khấu trừ) khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ phát hiện sai, sót.

3. Làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau và làm tăng số thuế GTGT phải nộp

Khi việc khai bổ sung thuế GTGT vừa làm giảm số thuế chưa khấu trừ chuyển kỳ sau, vừa làm tăng số thuế GTGT phải nộp của kỳ tính thuế có sai, sót:

• Hồ sơ & Nghĩa vụ tài chính: Lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót; nộp ngay số thuế GTGT phải nộp tăng thêm và tiền chậm nộp vào NSNN.

• Chỉ tiêu kê khai: Số tiền thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau điều chỉnh giảm khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.

4. Trường hợp làm giảm số thuế GTGT phải nộp đồng thời tăng số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau

Trường hợp NNT khai bổ sung làm giảm số thuế GTGT phải nộp đồng thời tăng số thuế chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ có sai, sót:

• Lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót.

• Xử lý số thuế giảm phải nộp: NNT được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp (nếu có). Trường hợp đã nộp tiền thuế vào NSNN thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn thuế theo quy định.

• Xử lý số thuế tăng chưa khấu trừ: Khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.

5. Trường hợp ảnh hưởng nghĩa vụ thuế của cả tờ khai thuế 01/GTGT và 02/GTGT

Đối với doanh nghiệp vừa có hoạt động sản xuất kinh doanh (HĐSXKD) vừa có dự án đầu tư, việc điều chỉnh bổ sung xử lý theo từng trường hợp sau:

(i) Làm giảm số thuế phải nộp của HĐSXKD (chỉ tiêu [40a])

Dẫn đến điều chỉnh giảm chỉ tiêu [40b] “Thuế GTGT mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế GTGT phải nộp của HĐSXKD cùng kỳ” trên tờ khai mẫu 01/GTGT:

• NNT phải khai bổ sung, điều chỉnh giảm chỉ tiêu [28a] hoặc [28b] trên tờ khai mẫu 02/GTGT của kỳ tính thuế tương ứng.

• Số tiền thuế GTGT mua vào của dự án đầu tư được bù trừ điều chỉnh giảm trên tờ khai bổ sung 02/GTGT khai vào chỉ tiêu [25] “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa dịch vụ mua vào các kỳ trước” trên tờ khai mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.

(ii) Điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư

Dẫn đến giảm chỉ tiêu [28a]/[28b] và giảm chỉ tiêu [32] “Thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn chuyển kỳ sau” trên tờ khai mẫu số 02/GTGT:

• Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn chuyển kỳ sau điều chỉnh giảm khai vào chỉ tiêu [27] “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào các kỳ trước” trên tờ khai 02/GTGT của kỳ phát hiện sai, sót.

• Đồng thời, khai bổ sung điều chỉnh giảm chỉ tiêu [40b] trên tờ khai mẫu 01/GTGT của kỳ tính thuế tương ứng.

• NNT phải nộp số thuế GTGT tăng thêm của tờ khai 01/GTGT và tính tiền chậm nộp theo quy định.

(iii) Phát hiện sai sót tờ khai 02/GTGT sau khi Dự án đầu tư đã hoàn thành

Trường hợp phát hiện tờ khai 02/GTGT có sai, sót sau khi dự án đầu tư đã hoàn thành làm tăng/giảm số thuế GTGT đầu vào kết chuyển sang tờ khai 01/GTGT:

• Không khai bổ sung tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT.

• Số thuế GTGT đầu vào của dự án có sai sót kê khai trực tiếp vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” hoặc “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai mẫu 01/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.

6. Trường hợp được kế thừa số thuế GTGT còn được khấu trừ từ đơn vị khác

Trường hợp NNT được kế thừa số thuế GTGT còn được khấu trừ do chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, hoặc chấm dứt hoạt động của đơn vị phụ thuộc:

• Căn cứ vào Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế.

• NNT KHÔNG thực hiện khai bổ sung.

• Kê khai trực tiếp vào chỉ tiêu “Thuế giá trị gia tăng nhận bàn giao được khấu trừ trong kỳ” trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế nhận được Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế.

Kết luận

Quy định về khai bổ sung thuế GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC đã làm rõ từng trường hợp cụ thể, đặc biệt là sự liên thông giữa tờ khai 01/GTGT và 02/GTGT cho dự án đầu tư. Kế toán dịch vụ cần nắm chắc các nguyên tắc điều chỉnh vào chỉ tiêu kỳ phát hiện sai sót để đảm bảo thực hiện đúng pháp luật thuế từ ngày 01/7/2026.

Để đơn giản hóa quy trình này, phần mềm Kế toán dịch vụ MISA ASP hỗ trợ tự động xử lý hóa đơn điện tử có sai sót và tự động lập tờ khai thuế GTGT bổ sung chuẩn xác, giúp kế toán tiết kiệm thời gian và luôn đảm bảo tuân thủ đúng quy định về thuế, hóa đơn hiện hành với vài bước đơn giản.

Trường hợp hóa đơn điều chỉnh/thay thế và hóa đơn bị điều chỉnh/bị thay thế (HĐ gốc) phát sinh tại 2 kỳ khác nhau: Số liệu này không ngầm định lên tờ khai lần đầu của hóa đơn điều chỉnh/thay thế, mà cho phép liệt kê lên khi lập tờ khai bổ sung kỳ phát sinh HĐ bị điều chỉnh/bị thay thế (HĐ gốc).

Ví dụ cụ thể Tờ khai thuế GTGT khấu trừ (01/GTGT)

Bước 1: Vào phân hệ Thuế\tab Khai thuế, chọn Khai bổ sung/Tờ khai thuế GTGT khấu trừ (01/GTGT)

Bước 2: Chọn kỳ tính thuế

• Sau đó chọn các phụ lục kê khai và cách lấy dữ liệu lên tờ khai bổ sung.
  

Bước 3: Nhấn Đồng ý

• Chương trình hiển thị giao diện tờ khai thuế bổ sung đối với tổ chức, doanh nghiệp kinh doanh:
  
• Dữ liệu trên tờ khai bổ sung là dữ liệu được lấy lên từ tờ khai đó theo lần lập gần nhất hoặc lấy tổng hợp từ dữ liệu mới nhất, tùy theo tham số đã chọn khi lập tờ khai bổ sung.

Bước 4: Anh/Chị thực hiện điều chỉnh trên tờ khai.

• Nhấn Tổng hợp khai bổ sung.
  
• Chương trình tự động tổng hợp số liệu điều chỉnh trên Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh. Xem hướng dẫn xử lý kết quả sau khi khai bổ sung tại đây.

Bước 5: Nhấn Lưu.

Với vài bước đơn giản, kế toán dịch vụ đã có thể lập tờ khai thuế GTGT bổ sung chuẩn xác, nhanh chóng. Đăng ký 01 buổi Demo miễn phi tính năng tại đây: