Bắt đầu hành trình khởi nghiệp giống như đặt những viên gạch đầu tiên cho một công trình lớn – nơi mỗi quyết định ban đầu đều ảnh hưởng đến nền móng tương lai. Trong số đó, việc tiếp cận và tuân thủ các chính sách thuế cho doanh nghiệp mới thành lập là một trong những thách thức vừa mang tính kỹ thuật, vừa chiến lược mà doanh nghiệp mới thành lập không thể xem nhẹ. Không đơn thuần là nghĩa vụ pháp lý, thuế còn là công cụ điều tiết hành vi kinh doanh cũng như cơ hội để doanh nghiệp tận dụng ưu đãi để phát triển.
1. Các chính sách thuế cho doanh nghiệp mới thành lập
1.1. Thuế môn bài
Theo quy định tại Điều 1 Nghị định số 22/2020/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 139/2016/NĐ-CP), nhiều đối tượng doanh nghiệp mới thành lập được miễn lệ phí môn bài – một chính sách có ý nghĩa thiết thực trong việc tạo điều kiện khởi đầu thuận lợi cho hoạt động sản xuất, kinh doanh. Cụ thể:
- Doanh nghiệp được thành lập mới, bao gồm cả trường hợp được cấp mã số doanh nghiệp mới hoặc mã số thuế mới, sẽ được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu tiên kể từ khi thành lập hoặc ra hoạt động kinh doanh (tính từ ngày 01 tháng 01 đến ngày 31 tháng 12).
- Hộ kinh doanh, cá nhân, nhóm cá nhân lần đầu tiên ra hoạt động sản xuất, kinh doanh cũng được áp dụng chính sách miễn thuế môn bài trong năm đầu hoạt động.
- Doanh nghiệp nhỏ và vừa được chuyển đổi từ hộ kinh doanh theo quy định tại Điều 16 Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa sẽ được miễn lệ phí môn bài trong vòng 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.
- Các cơ sở giáo dục phổ thông và mầm non công lập là một trong số những đối tượng đặc biệt được miễn lệ phí môn bài theo quy định hiện hành.
Ngoài ra, nếu trong thời gian được miễn lệ phí môn bài, doanh nghiệp, hộ kinh doanh, hay cá nhân thành lập chi nhánh, văn phòng đại diện hoặc địa điểm kinh doanh, thì các đơn vị phụ thuộc này cũng được hưởng chính sách miễn giảm tương ứng, cho đến khi thời hạn ưu đãi của đơn vị mẹ kết thúc.
Tuy nhiên, sau khi kết thúc thời gian miễn lệ phí, các doanh nghiệp sẽ cần thực hiện nghĩa vụ nộp thuế môn bài theo biểu phí quy định hiện hành của pháp luật.
Sau khi hết thời hạn được miễn theo quy định, doanh nghiệp mới thành lập sẽ phải thực hiện nghĩa vụ nộp lệ phí môn bài hằng năm theo mức cụ thể được quy định tại Điều 4 Nghị định số 139/2016/NĐ-CP. Căn cứ vào vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư ghi trên giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, mức lệ phí môn bài được phân loại như sau:
- Mức 3.000.000 đồng/năm: Áp dụng đối với doanh nghiệp, tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư trên 10 tỷ đồng.
- Mức 2.000.000 đồng/năm: Áp dụng đối với doanh nghiệp, tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư từ 10 tỷ đồng trở xuống.
- Mức 1.000.000 đồng/năm: Áp dụng đối với chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, đơn vị sự nghiệp trực thuộc doanh nghiệp, không phân biệt mức vốn của đơn vị mẹ.
1.2. Thuế thu nhập doanh nghiệp
Khác với lệ phí môn bài – vốn được miễn trong năm đầu hoạt động đối với hầu hết các doanh nghiệp mới thành lập – thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) chỉ được ưu đãi trong một số trường hợp đặc thù. Theo quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2008, được sửa đổi, bổ sung vào các năm 2013 và 2014, chính sách miễn, giảm và ưu đãi thuế suất TNDN không dựa trên tiêu chí “doanh nghiệp mới thành lập”, mà phụ thuộc vào lĩnh vực hoạt động, ngành nghề đầu tư và địa bàn triển khai dự án.
Nói cách khác, doanh nghiệp mới chỉ được hưởng ưu đãi thuế TNDN nếu đáp ứng các điều kiện về lĩnh vực, ngành nghề hoặc khu vực đầu tư được ưu tiên theo quy định pháp luật.
Căn cứ theo Điều 13 của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp hợp nhất số 14/VBHN-VPQH, doanh nghiệp có thể được áp dụng mức thuế suất ưu đãi từ 10% đến 17% trong thời hạn tối đa 10 năm, nếu thuộc vào một trong các nhóm sau:
- Doanh nghiệp đầu tư tại khu vực có điều kiện kinh tế – xã hội đặc biệt khó khăn, hoặc nằm trong khu kinh tế, khu công nghệ cao.
- Doanh nghiệp thành lập mới nhằm triển khai dự án đầu tư thuộc lĩnh vực công nghệ cao, như sản xuất phần mềm, vật liệu mới (ví dụ: vật liệu composit, vật liệu xây dựng tiên tiến), sản xuất năng lượng sạch, năng lượng tái tạo, năng lượng từ chất thải, hoặc phát triển công nghệ sinh học.
- Doanh nghiệp mới được thành lập để thực hiện dự án đầu tư trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, như xử lý nước thải, chất thải rắn, khí thải hoặc phát triển công nghệ sản xuất xanh.
- Doanh nghiệp đầu tư trong các lĩnh vực công – nông nghiệp thiết yếu như: sản xuất thép xây dựng, sản phẩm tiết kiệm năng lượng, máy móc phục vụ nông nghiệp, thủy lợi, thiết bị nuôi trồng – chế biến nông sản, phát triển ngành nghề nông thôn…
Mức thuế suất ưu đãi và thời hạn áp dụng sẽ thay đổi tùy theo từng nhóm ngành nghề và địa bàn đầu tư, được quy định chi tiết trong các văn bản hướng dẫn dưới luật. Sau khi hết thời hạn ưu đãi, doanh nghiệp sẽ phải thực hiện nghĩa vụ thuế theo mức thuế suất thông thường là 20% (theo quy định hiện hành).
1.3. Thuế giá trị gia tăng
Doanh nghiệp mới thành lập không được miễn thuế Giá trị gia tăng (GTGT) và cần thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai và nộp thuế ngay từ khi bắt đầu hoạt động. Theo quy định, doanh nghiệp có thể lựa chọn một trong hai phương pháp tính thuế:
- Phương pháp khấu trừ: Áp dụng với doanh nghiệp có hệ thống kế toán, hóa đơn – chứng từ đầy đủ. Thuế suất phổ biến là 10%, ngoài ra có các mức 0% và 5% áp dụng theo từng loại hàng hóa, dịch vụ.
- Phương pháp trực tiếp: Áp dụng với doanh nghiệp nhỏ, siêu nhỏ chưa đáp ứng điều kiện kế toán. Thuế được tính theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu.
Ngay trong giai đoạn đăng ký thuế ban đầu, doanh nghiệp cần lựa chọn phương pháp phù hợp để đảm bảo tuân thủ pháp luật và tối ưu chi phí vận hành.
1.4. Thuế thu nhập cá nhân
Đối với doanh nghiệp mới thành lập, thuế thu nhập cá nhân (TNCN) phát sinh từ hai nhóm đối tượng chính: Chủ đầu tư, cổ đông và người lao động.
- Chủ đầu tư có thể được hưởng ưu đãi với mức thuế TNCN cố định là 5% trên phần lợi nhuận được chia, nếu đáp ứng điều kiện theo quy định hiện hành.
- Cổ đông góp vốn khác trong công ty vẫn phải nộp thuế TNCN bình thường, tùy thuộc vào tỷ lệ vốn góp và thu nhập phát sinh từ việc phân chia lợi nhuận.
- Đối với người lao động trong doanh nghiệp, thuế TNCN sẽ được khấu trừ trực tiếp hàng tháng theo biểu thuế lũy tiến từng phần. Việc kê khai và nộp thuế do doanh nghiệp thực hiện với vai trò là đơn vị chi trả thu nhập.
1.5. Chính sách gia hạn thời gian đóng thuế cho doanh nghiệp mới thành lập
Bên cạnh các ưu đãi về miễn, giảm thuế, doanh nghiệp mới thành lập còn có thể được gia hạn thời gian nộp thuế, giúp giảm áp lực tài chính trong giai đoạn đầu hoạt động.
Một số chính sách gia hạn đáng chú ý bao gồm:
- Tiền thuê đất: Theo khoản 4 Điều 3 Nghị định 41/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp được Nhà nước cho thuê đất trực tiếp có thể được gia hạn thời gian nộp tiền thuê đất thêm 5 tháng.
- Thuế sử dụng đất nông nghiệp: Các tổ chức, cá nhân, hộ gia đình sử dụng đất nông nghiệp cho mục đích sản xuất, chăn nuôi được gia hạn nộp thuế đến hết năm 2025.
- Các loại thuế khác: Tùy theo ngành nghề và quy mô, doanh nghiệp mới có thể được xem xét gia hạn một số loại thuế khác như thuế xuất nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế kiểm tra… theo các nghị định hỗ trợ hiện hành.
2. Thời gian hưởng chính sách thuế cho doanh nghiệp mới thành lập
Theo quy định tại khoản 16 Điều 1 Nghị định 12/2015/NĐ-CP, thời gian áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp mới thành lập phụ thuộc vào loại hình dự án đầu tư và khu vực thực hiện dự án. Cụ thể:
- Dự án thuộc lĩnh vực công nghệ cao, ứng dụng công nghệ cao: Doanh nghiệp được miễn thuế TNDN trong 4 năm, và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo.
- Dự án xã hội hóa thực hiện tại địa bàn không thuộc vùng khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn: Doanh nghiệp được miễn thuế 4 năm, và giảm 50% trong 5 năm tiếp theo.
- Dự án đầu tư tại khu công nghiệp (không thuộc vùng có điều kiện kinh tế – xã hội khó khăn): Doanh nghiệp được miễn thuế 2 năm, và giảm 50% trong 4 năm kế tiếp.
Các mốc thời gian ưu đãi bắt đầu được tính từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế. Đây là yếu tố quan trọng mà doanh nghiệp cần lưu ý trong việc lập kế hoạch tài chính và tận dụng hiệu quả các chính sách thuế hỗ trợ giai đoạn khởi đầu.
3. Một số thắc mắc thường gặp về các chính sách thuế cho doanh nghiệp mới thành lập
Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) có tính từ thời điểm thành lập doanh nghiệp không?
Không, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) không tính từ thời điểm doanh nghiệp thành lập mà tính từ năm đầu tiên phát sinh thu nhập chịu thuế.
Điều này có nghĩa là nếu doanh nghiệp không có thu nhập trong năm đầu tiên, thì không thể áp dụng ưu đãi thuế TNDN cho năm đó. Thời gian miễn hoặc giảm thuế sẽ được tính từ năm có thu nhập chịu thuế đầu tiên. Thông thường, chính sách miễn thuế TNDN có thời gian áp dụng từ 4 năm đầu, tiếp theo là giảm 50% thuế phải nộp trong 5 – 9 năm tùy theo loại hình dự án và khu vực đầu tư.
Nếu doanh nghiệp chọn phương pháp tính thuế GTGT không phù hợp, có thay đổi được không?
Có, doanh nghiệp hoàn toàn có thể thay đổi phương pháp tính thuế GTGT nếu phương pháp ban đầu không phù hợp hoặc doanh nghiệp nhận thấy phương pháp khác sẽ tối ưu hơn.
- Phương pháp khấu trừ (thường áp dụng cho doanh nghiệp có đủ hóa đơn, chứng từ) cho phép doanh nghiệp khấu trừ thuế GTGT đã nộp đầu vào.
- Phương pháp trực tiếp (thường áp dụng cho doanh nghiệp nhỏ chưa có đủ hệ thống kế toán) tính thuế trực tiếp trên doanh thu.
Thay đổi phương pháp tính thuế có thể thực hiện vào đầu năm tài chính tiếp theo, và doanh nghiệp phải làm thủ tục thông báo với cơ quan thuế, đồng thời điều chỉnh theo yêu cầu trong hồ sơ khai thuế.
Khi nào doanh nghiệp cần đăng ký mã số thuế?
Doanh nghiệp cần đăng ký mã số thuế ngay khi hoàn tất thủ tục đăng ký kinh doanh, bởi mã số thuế là điều kiện bắt buộc để thực hiện mọi nghĩa vụ thuế đối với Nhà nước.
Khi đăng ký kinh doanh, doanh nghiệp sẽ được cấp mã số thuế do cơ quan thuế quản lý. Đây là mã số duy nhất mà doanh nghiệp sử dụng để kê khai và nộp thuế. Sau khi có mã số thuế, doanh nghiệp sẽ sử dụng mã này để thực hiện các thủ tục thuế như khai thuế, nộp thuế và được cấp các giấy tờ liên quan như giấy chứng nhận thuế, thông báo thuế.
Ngay từ những bước đi đầu tiên, doanh nghiệp phải đối mặt với hàng loạt yêu cầu về pháp lý, kế toán, thuế, quản lý tài chính – những yếu tố quyết định sự phát triển bền vững về lâu dài.
Thấu hiểu những khó khăn đó, MISA ASP giới thiệu giải pháp MISA ASP STARTUP BOOST – bộ công cụ hỗ trợ toàn diện, giúp doanh nghiệp mới thành lập xây dựng nền tảng quản trị bài bản, tối ưu quy trình vận hành ngay từ những ngày đầu tiên. Combo này không chỉ mang đến sự tiết kiệm về chi phí, mà còn giúp doanh nghiệp chủ động, tự tin trên hành trình hiện thực hóa ước mơ kinh doanh.

Tạm kết:
Có thể nói, chính sách thuế vừa là thử thách, vừa là kim chỉ nam cho những ai dám dấn thân vào hành trình khởi nghiệp. Nếu coi doanh nghiệp là một con thuyền đang ra khơi thì việc nắm rõ quy định thuế chính là chiếc la bàn cần thiết để không lạc hướng giữa đại dương pháp lý. Vận dụng khéo léo các chính sách thuế cho doanh nghiệp mới thành lập và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ với Nhà nước sẽ giúp doanh nghiệp củng cố nền tảng vận hành minh bạch cũng như xây dựng được niềm tin với đối tác, nhà đầu tư và cộng đồng.